Есть оригинальный массив с массивами внутри:
var massiv = [1, 2, [3, 3], [4, 4], 5, 6]
Как удалить массивы [3, 3] и [4, 4]?
Мы можем отфильтровать элементы оригинального массива и вернуть новый массив, в котором не будет массивов.
massiv.filter(i => i.constructor.name != "Array") [1, 2, 5, 6]
Результат работы фильтрации

Если элементом оригинального массива является массив, то мы его не возвращаем. В результате у нас останется массив, в котором не будет других массивов на одном уровне.
Функция удаления массивов в массиве
Напишем функцию:
function delArr(arr){ return arr.filter(i => i.constructor.name != "Array"); }
Свой метод удаления массивов в массиве
Напишем свой метод для объектов-прототипов Array:
Array.prototype.clearArr = function(){ return this.filter(i => i.constructor.name != "Array"); }
Информационные ссылки
Стандарт ECMAScript — Раздел «23.1.3.7 Array.prototype.filter ( callbackfn [ , thisArg ] )» — https://tc39.es/ecma262/#sec-array.prototype.filter